天然酚类化合物的种类比较多，大致上可以分为黄酮类化合物（如槲皮素、山奈酚）、酚酸类化合物（如没食子酸、咖啡酸、对香豆酸、阿魏酸）、木脂素类化合物（如对羟基苯乙酸）、花青素类等。这些酚类化合物具有一些重要的生物活性，如抗氧化、抗炎、改善血液循环等。具体什么物质含哪种酚类多一些，都要根据实际实验需求和目标来测定含量。酚类化合物在药物开发、健康食品、饮食搭配方面都有比较大的潜力，有待进一步的研究和发现。
以黄酮类化合物为例，它的主要结构上含有C6-C3-C6骨架，有两个苯环通过这3个碳原子相连，形成吡喃环结构。根据C环的氧化程度和B环的连接位置，黄酮类化合物可分为黄酮、黄酮醇、异黄酮、查耳酮等。黄酮和黄酮醇的C环氧化程度较高，B环连接在C2位置。异黄酮的B环连接在C3位，结构更稳定。查耳酮的C环就是开环的结构了，颜色较深。在大多数情况下，黄酮类化合物在植物中多与糖结合成苷，少数以游离态（苷元）存在。
使用高效液相色谱（HPLC）或液相串联质谱（LC-MS/MS）测定黄酮类化合物，前处理的方法主要是溶剂提取，根据黄酮类化合物的极性大小，选择对应的溶剂“相似相溶”，利用超声波加速细胞壁的破裂，提高样品提取的效率，避免高温对活性成分的破坏。另外，还可以采用酶解法，蒸馏法等。使用溶剂法提取黄酮，要注意黄酮类化合物的极性差异，如果知道它的极性是中等的，就用中等极性的溶剂（如70-80%甲醇），如果极性较强，就用强极性的溶剂（如60%甲醇），水的比例越高，溶剂的极性就越强。避免使用高温，一般在超声提取时建议用低温，恐怕会破坏黄酮的结构，导致含量降低。
色谱条件的选择也是灵活的，常用C18反相色谱柱来吸附黄酮类化合物，用甲醇或乙腈和水为流动相，按比例调整极性来洗脱对应的化合物。如果不知道化合物具体的极性大小，可以用梯度的方式，就是在这个梯度斜率范围内，一定包含了适合化合物极性的流动相比例。如此，化合物就能被有序洗脱出来。根据色谱峰的出峰情况，可添加0.1%甲酸或磷酸盐来改善峰形。如果用250mmx4.6mm,5um的柱子，可先用推荐的1ml/min的流速，10ul的进样量，看峰的情况进行调整。黄酮类大多数都有紫外吸收特征，在测定之前还是要认真确定一遍的，可以用DAD扫描或指导波长（如槲皮素254nm）。