生物碱主要分布在中草药中含氮的有机化合物，大多有复杂的环状结构，氮素就包含在环内。生物碱的种类很多，大约有10000种，按基本机构可分为59种类型。比如，石斛碱，大多数生物碱都有毒性，但也具有相应生物药理活性。
研究生物碱的意义：比如确定药理活性，医咳喘。用中药材来增强免疫力。植物生物碱的合成路径，理解次生代谢机制。研究生物碱分子结构的多样性。推动生物碱的应用领域和学科研究等。
生物碱分类：
1.嘌呤碱，由2个杂环构成的含氮碱性化合物，包括腺嘌呤（A）和鸟嘌呤（G），比如茶碱。
2.异喹啉类，如小蘖碱，粉防己碱等。
3.吡咯烷类，如古豆碱，野百合碱等。
4.吡啶类，如槟榔碱，半边莲碱等。
5.有机胺类，如麻黄碱，益母草碱等。
6.甾体类，如茄碱等。
检测方法：高效液相色谱（HPLC），气相色谱（GC），液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）等。
以气相色谱测石斛碱含量为例
前处理：新鲜的植物样本，恒温干燥粉碎，精密称量0.1g，置于50mL圆底烧瓶中。加入含有0.05%甲酸的甲醇溶液10mL，加热反复的回流要3h。结束后，要冷却到室温的状态。提取液转移到10ml的容量瓶中，定容。混匀，上清液过0.22um膜，待测。
色谱条件：
程序升温：初始温度为 80℃，以每分钟10℃的速率升温至 250℃，保持5 分钟；进样口温度为250℃，FID检测器温度为 250℃，进样量5uL。
标准曲线，计算含量。
检测指标：石斛碱、甜菜碱、咖啡碱、苦参碱、氧化苦参碱、槐定碱、槐果碱、苦豆碱、茶碱、莨菪碱、东莨菪碱、秋水仙碱、烟碱、小檗碱、麻黄碱、益母草碱、半边莲碱、槟榔碱、茄碱、粉防己碱、葫芦巴碱等。