植物生理生化指标，研究的植物种类包括逆境适应植物（甜菜、杨树、柳树等）、经济作物（棉花、番茄、油菜等）、园艺植物（向日葵、绿萝等）、水果蔬菜（樱桃、上海青、空心菜、花椒等）、模式植物（拟南芥、烟草等）、粮食作物（水稻、小麦等）以及功能性植物等。
植物生理生化指标主要包括营养成分、光合作用、呼吸作用、水分代谢、抗氧化指标、渗透调节、植物激素、矿物元素等。
1.植物抗氧化指标：超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化氢酶（CAT）、过氧化物酶（POD）、谷胱甘肽过氧化物酶（GPX）、谷胱甘肽S-转移酶（GST）、谷胱甘肽还原酶（GR）、总抗氧化能力（TAC）、丙二醛（MDA）、抗坏血酸（AsA）等。
2.植物根系活力，相对电导率，可溶性固形物等。
3.光合作用相关指标：叶绿素a、叶绿素b、气孔导度等。
4.植物激素，如脱落酸（ABA），诱导气孔关闭以减少水分流失。
5.渗透调节物质：脯氨酸、可溶性糖、甜菜碱等。
6.生长和形态指标：生物量（根长、茎粗、根冠比）、蒸腾速率等。
植物营养元素是植物生长发育必需的化学元素，分为必要元素和有益元素。必要元素共19种，包括碳、氢、氧、氮、磷、硫、钾、钙、镁、硅10种大量元素，以及铁、锰、锌、铜、钼、硼、氯、钠、镍9种微量元素。
植物元素：全氮，全磷，全钾，磞，磷，砷，硒，钠，铝，钾，钙，钛，钒，铬，锰，铁，钴，镍，铜，锌，锶，钼，镉，锡，锑，钡，汞，铊，铅，硅，碳，硫，氯，硝酸盐，亚硝酸盐，硝态氮，铵态氮，灰分（水溶性灰分，水不溶性灰分，酸不溶性灰分），C/N/O同位素，砷形态（无机砷，一甲基砷，二甲基砷），硒形态（无机硒，硒代胱氨酸，硒代蛋氨酸，硒代半胱氨酸），锑/碘/溴等元素形态。
碳水化合物：可溶性总糖，还原糖，总多糖，蔗糖，葡萄糖，果糖，海藻糖，山梨醇，可溶性固形物，淀粉（可溶性淀粉，支链淀粉，直链淀粉），纤维素，半纤维素，木质素，粗纤维，中性洗涤纤维，酸性洗涤纤维，总膳食纤维，可溶性膳食纤维，不溶膳食纤维，总果胶，离子结合型果胶，共价结合型果胶，可溶性果胶。
生物碱：石斛碱，烟碱，甜菜碱，咖啡碱等。
蛋白氨基酸相关：粗蛋白，蛋白组分（清蛋白，球蛋白，醇溶蛋白，谷蛋白），还原性谷胱氨肽，脯氨酸，游离氨基酸总量，赖氨酸，半胱氨酸，谷氨酸，羟脯氨酸，γ氨基丁酸，丙酮酸，乳酸，柠檬酸，果糖-1,6-二磷酸，葡萄糖-6-磷酸，游离脂肪酸，粗脂肪，总有机酸。
植物色素：叶绿素a，叶绿素b，类胡萝卜素，β胡萝卜素，番茄红素，叶黄素，花青素等。
酚类：总酚，茶多酚，游离棉酚，儿茶素，单宁。
次生代谢产物：硫代葡萄糖苷，皂苷，超氧阴离子，过氧化氢，甘露醇，根系活力，三萜，甾醇，脱氢抗坏血酸，丙二醛，总巯基，羟自由基清除能力，总抗氧化能力，尿素氮，甘油三酯，总胆固醇，游离胆固醇，植酸，细胞色素。
黄酮类：类黄酮，大豆异黄酮等。
维生素类：维生素C，维生素E，维生素B1，维生素B6等。
光合作用系列：二磷酸核酮糖羧化酶，果糖-1,6-二磷酸酶，乙醇酸氧化酶，焦磷酸，果糖-6-磷酸-1-磷酸转移酶，丙酮酸磷酸双激酶等。
植物营养成分：干物质，粗灰分，粗脂肪，粗蛋白，中性洗涤纤维，酸性洗涤纤维等。
植物全碳：重铬酸钾湿烧法。在浓硫酸存在下，重铬酸钾（K₂Cr₂O₇）在170-175℃下氧化植物有机碳，自身被还原为Cr³⁺（绿色）。剩余的重铬酸钾用硫酸亚铁（FeSO₄）滴定，通过消耗量计算碳含量。
植物胁迫生理生化指标检测
物理因素：高温、低温、干旱、洪涝、盐渍等。
高温胁迫需要测的指标：叶绿素，丙二醛，抗氧化酶（超氧化物歧化酶、抗坏血酸过氧化物酶），电导率，可溶性糖，脯氨酸含量等。
低温胁迫需要测的指标：丙二醛，可溶性糖，脯氨酸，超氧化物歧化酶，过氧化物酶，过氧化氢酶，过氧化氢，叶绿素，电导率等。
干旱胁迫需要测的指标：电导率，丙二醛，脯氨酸，可溶性糖，可溶性蛋白，脱落酸，超氧化物歧化酶，过氧化物酶，过氧化氢酶，叶绿素a，叶绿素b等。
洪涝胁迫需要测的指标：丙二醛，抗氧化酶（如CAT、SOD、POD），根系活力，脯氨酸等。
植物盐渍胁迫要测的指标：脯氨酸，叶绿素，甜菜碱，可溶性糖，脂肪酸等。超氧化物歧化酶（SOD），过氧化物酶（POD），过氧化氢酶（CAT），丙二醛，活性氧等。根系分泌的有机酸，糖类，氨基酸等。Na+，K+，Ca2+，Mg2+。
植物重金属抗逆性指标：脯氨酸，甜菜碱，超氧化物歧化酶（SOD），过氧化物酶（POD），过氧化氢酶（CAT），丙二醛（MDA），脱落酸（ABA）和茉莉酸（JA）等。
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