番茄红素是一种具有类胡萝卜素，是从番茄、西瓜、番石榴等植物中提取出来一种鲜红色的天然色素。它是一种异戊二烯类多烯烃，核心结构是13个碳碳双键组成的长链体系，其中11个是共轭双键，单双键呈交替排列，形成一个高度离域的π电子体系，另外2个是非共轭双键，位于分子两端的异戊二烯单元中。这种共轭体系具有较强的抗氧化能力，能有效的灭掉单线态氧和自由基。由于共轭双键的刚性结构，难以自由的旋转，在自然状态下主要以全反式构型存在。
和β胡萝卜素不同的是，番茄红素没有β-紫罗兰酮环，而是完全开放的链式结构。番茄红素的共轭体系很长，吸收光谱就向更长的波段移动，呈现深红色。番茄红素的化学机构稳定性比较低，容易被氧化、金属离子（如Fe3+、Cu2+）、光照和高温都能让它发生降解。看起来很脆弱的样子，但抗氧化能力是远超于β胡萝卜素和维生素E的。番茄红素不溶于水，可溶于油脂。
使用液相色谱测定番茄红素含量时，可用C18反相色谱柱吸附。至于洗脱用的流动相就不能用水了，可用甲醇和乙腈，乙腈的极性和洗脱性能比甲醇更高一些。甲醇和乙腈的极性是有差别的，在进行不同比例的调配，可形成适合番茄红素极性的极性特点。根据相似相溶原则，可将吸附在色谱柱上的番茄红素洗脱出来。比如甲醇：乙腈=35：65（等度洗脱）。当然，也有用乙腈-二氯甲烷-甲醇（60:30:10）混合流动相的。乙腈的洗脱能力很强，适合疏水性强的番茄红素，因此在流动相体系中乙腈是主要的洗脱主力，二氯甲烷就是助力的作用，增强番茄红素的洗脱能力，和其他植物色素分开。那么有乙腈的洗脱，为什么还要甲醇呢？甲醇是为了减缓极性的变化，也就是调节流动相极性用的，可改善峰形，让分离的更稳定一些。
标准品的溶解是比较重要的，比如，精确称取番茄红素标准品 5mg 于 5mL 容量瓶中，加入二氯甲烷溶解定容摇匀得 1mg/mL 单标标准母液，-20℃避光储存。梯度稀释5-7个浓度点，也用二氯甲烷来稀释。另外，稀释的比例也是有讲究的，不仅要考虑到番茄红素可能的浓度范围，还要看液相色谱的检测限，确保数据在线性范围内，相关系数r2一般要大于0.999并接近于1。