植物生长素（IAA）是植物体内具有分裂和增大活性的细胞产生的吲哚类化合物，它的化学本质为吲哚乙酸。它通过极性运输形成浓度梯度来调控植物生长和发育，调节向光性，向地性生长，维持顶端优势等。生长素的特点是，低浓度的时候可促进生长，高浓度可抑制生长。天然生长素的化学结构包括吲哚环、亚甲基、羧酸基团等。因为它含有羧基（-COOH），IAA具有了极性，但也有吲哚环的非极性。因此，使用C18反相色谱柱，可有效的吸附到固定相上，并通过调整流动相的极性来洗脱。同时，羧基使其呈现弱酸性，等电点pKa大约4.8，使用液相色谱测，流动相要用酸来缓冲（比如，0.1%甲酸，它的pH值2.5-2.8），避免发生解离。天然的IAA具有L-构型，赋予了生长素的生物活性和代谢特性。
如果生长素的含量比较低，可选择液相串联质谱（LC-MS/MS）准确测定其中的含量。前处理的过程，要用液氮研磨，加入80%异丙醇和1%甲酸，防止生长素出现解离。为了能更有效的提取出来。在4℃的环境中进行超声处理1h，在10000r/min离心10min得到上清液。加入适量的二氯甲烷，超声提取30min，10000r/min得到上清液，就是包含了生长素的提取液。如果需要浓缩，可在室温下用氮气减压到水相，再进行定容，用甲醇进行稀释，过0.22um的膜。
吲哚乙酸（IAA）见光易分解，在热酸条件下是比较不稳定的，前处理的过程中加入了酸，因此要在低温下操作。用高分离性能的C18色谱柱，比如2.1x100mm,1.7um，流速0.3ml/min，根据实际情况，确定进样量。流动相的比例和梯度是出峰的关键，用0.1%的甲酸和乙腈作为流动相，反相色谱柱，初始流动相用高比例的水相和低比例的有机相，比如95%的0.1%甲酸水，5%的乙腈开始。生长素就像有两只手，一只手（吲哚环）抓在色谱柱的固定相，另外一只手（羧基）在流动相中。当流动相中的无机相比例比较大时，流动相整体的极性比较大的；当逐渐增加有机相的比例，流动相整体的极性降低，逐步表现为非极性的特点。根据相似相容的原则，抓在色谱柱固定相上的吲哚环也逐渐的溶解到流动相中，被洗脱出来，在检测器上读取它的信号。
因此，如果是梯度洗脱，先设置一个相对较低的有机相比例，如5%乙腈，再设置一个比较高的比例，如95%的乙腈，可以设置5min。根据出峰的情况，再在中间适当的位置设置一个梯度，或增加洗脱斜率，或降低洗脱斜率，来调整峰的疏密程度，比如3min的时候，设置一个60%的乙腈。