植物黄酮类化合物主要来源于茶叶（如茶多酚），蔬菜或药材（黄酮及黄酮醇类，如槲皮素），裸子植物（双黄酮类），水果（花色甙类，如花青素），豆科植物（如大豆素等异黄酮、二氢异黄酮），玉米油类（二氢黄酮、二氢黄酮醇类）。
黄酮类化合物内含有酚羟基（-OH）而显酸性，酸性的强弱和羟基的位置和数量有关。黄酮的弱碱性源于γ-吡喃酮环的1位氧原子，它的孤对电子参与共轭。酚羟基显酸性，强度顺序：7,4-二羟基＞7或4-羟基＞一般羟基。黄酮类化合物在酸性条件下被Mg粉还原，生成红色至紫色的花色苷元衍生物。黄酮类化合物和金属盐（如Al3+）发生络合反应，生成有色的物质。黄酮类化合物以C6-C3-C6为基本骨架，由两个苯环通过三个碳原子连接形成。根据结构差异可分为黄酮、黄酮醇、异黄酮、黄烷酮、花青素等类型。
植物黄酮的极性取决于它的结构，苷元因平面型分子结构，分子间作用力强，通常为中等极性。苷类因糖基增加亲水性，极性显著增强。另外，羟基（-OH）提高极性，羟基越多，极性越强。甲氧基（-OCH3）降低极性。极性排序：花色素＞黄酮醇＞异黄酮＞查尔酮＞二氢黄酮。如果用C18反相色谱柱来吸附，极性越强，吸附作用越弱，在流动相的洗脱下越容易出来，出峰也是相对提前的。根据色谱柱的类型，使用推荐的进样量和流速，比如10ul，1ml/min。
如果要测多种黄酮类化合物，用甲醇和水或乙腈和水的流动相体系梯度洗脱，通过调节比例来改善分离度。如果是测单个黄酮类化合物，可以通过计算LogP值来反应亲脂性，数值越小极性越强，数据越大极性越弱。因为化合物中除了极性基团，还有非极性基团，就要通过公式来计算出整体的极性，从而判断出出峰的顺序。流动相的极性也是可以通过公式计算出来的，越接近化合物的极性，洗脱能力越强，可采用等度洗脱的方式分离。通过标准品来跑一次，知道化合物的出峰时间。当跑一次样品的时候，目标化合物的峰形是不确定的，可能比较完美，也可能会和周边的峰杂合在一起。知道调整到多少比例的流动相，可以尽可能的洗脱。黄酮类化合物，基本上都用紫外检测器，如254nm或280nm等。