短链脂肪酸是一类碳原子数大于1且小于等于6的有机酸，包括直链短链脂肪酸：乙酸、丙酸、丁酸、戊酸、己酸，支链短链脂肪酸：异丁酸和异戊酸。它们主要是由肠道菌群发酵膳食纤维产生的，在能量代谢和肠道健康中发挥着重要的作用。乙酸参与脂肪生成和糖异生，调节血压和血糖。丙酸可抑制食欲、降低胆固醇含量，减少脂肪的存储。丁酸增强胰岛素的敏感性，屏蔽肠道，抑制炎症等，是结肠细胞的主要能量来源。
短链脂肪酸含有羧基等极性基团，碳链越短，极性越强，且具有较强的挥发性。因此，为了能准确的测定肠道或粪便中的短链脂肪酸含量，需要对样品中的短链脂肪酸进行衍生化，转变为稳定的脂肪酸甲酯。常用的衍生剂有三氟化硼-甲醇溶液、硫酸-甲醇溶液、盐酸-甲醇溶液。样品和衍生剂混合在70-80℃水浴中反应30min，冷却后用乙醚-正己烷萃取脂肪酸甲酯。反应过程要严格控制反应条件，它直接决定了衍生化的效率和成功与否。详细的操作步骤，可参考相关文献或方法。
检测方法：气相色谱或气相色谱质谱联用（GC-MS）。
由于短链脂肪酸是极性的，可以用针对极性的色谱柱，比如FFAP柱，通过聚乙二醇改性固定相增强保留能力。常规的检测器是氢火焰离子检测器（FID）或者质谱检测器（MS）。如果用FID定量分析，常用N2作为载气，空气作为助燃气，氢气是燃气，尾吹气也用氮气。氢气和空气中的氧气混合燃烧后会产生高温火焰，氮气把样品中的组分带到火焰上，将其中的化合物进行电离，在检测器上记录它们的信号。因此，火焰要有足够的能量，还要稳定才可以。
如果要在色谱图上将各个脂肪酸分离展示出来，需要有一些列的色谱条件。氮气的流量一般为30ml/min，氢气也是，或高一点儿，比如50ml/min。那么，空气的流量一般是和氢气成10:1的比例，这样才能有更充分的燃烧，看起来是比较成熟的经验了。尾吹气的作用，是为了改善峰形。进样口的温度是必须要设置的，而且要设置的准确。进样的温度要高于所有样品组分的沸点，这样就可以全部汽化，才能跟着气体进入到色谱柱。一般进样口温度可设置270-280℃，色谱的梯度升温是分离的关键因素。比如，在60-80℃的时候保持4min，然后以10℃/min的梯度斜率上升到180℃，保持1min，看色谱峰的分离情况，可继续提升稳定。斜率越高，达到沸点的时间越快，出峰越窄。检测器的温度要高，但是也不能过高，需要高于高沸点的组分，比如280℃。进样量是少的，1ul是可以的。通常如果进样的浓度高，分流比为50:1，具体看峰的形态进行调整，如果是方法开发，需要多次调整，才能达到理想的状态。