叶绿素是存在于绿色植物、绿藻、裸藻等的叶绿体中，能够通过光合作用吸收和传递光能的物质。高等植物的叶绿素主要有叶绿素a和叶绿素b，核心部分是由4个吡咯环构成的卟啉环，中间螯合了一个镁原子（Mg），具有吸收光能的作用。镁原子是带正电荷的，它和带负电荷的氮原子形成了极性结构，因此具有亲水性。另外，它的侧链部分是一个很长的脂肪烃，由4个异戊二烯单元组成的双萜，具有亲脂性，决定了叶绿素的脂溶性，也具有非极性的特点。
叶绿素a和b的结构上的差异在于吡咯环上的附加基团，叶绿素a为甲基，叶绿素b为甲醛基。这种微小的差异就导致了叶绿素a呈蓝绿色，叶绿素b为黄绿色。叶绿素是不稳定的，在光照、酸、碱、氧化剂等条件下都会让它分解。叶绿素能吸收太阳光中的红光和蓝紫光，使用分光光度法测定叶绿素时，叶绿素a的强吸收峰波长为663nm，叶绿素b的强吸收峰波长为645nm。
使用液相色谱测叶绿素a和b，C18反相色谱柱是比较适合的，使用甲醇和水为流动相，当比例达到85:15时，叶绿素a和b的分离度可达到1.5以上。流速为1ml/min，进样量10ul，根据叶绿色的吸光特点，紫外检测器，波长可用395nm。检测过程是这样的，但提取过程是非常重要的。前面已经说了，它对光、酸、碱、氧化剂等都比较敏感，容易发生降解。因此样品前处理要在避光的条件下进行。以植物叶片的样本为例，将叶片剪碎后加入石英砂和碳酸钙（保护色素），再加入90%的丙酮混合研磨到组织变白，离心后定容到棕色的容量瓶中，0.22um膜过滤，待测。
在前处理的过程中，要在4℃避光下操作，避免叶绿素降解。要超声或在线脱气，避免干扰检测信号。