测定花青素的含量，就是将样品中的物质通过量化展示出来。花青素是以2-苯基苯并吡喃阳离子为骨架，是有苯环（A环和B环）通过一个含氧杂环（C环）连接而成。在B环的R1和R2位置含有羟基（-OH），它的数量直接影响到整个结构的稳定性，羟基越多，结构越不稳定。因此，它既是非极性的，也是极性的。天然的花青素大多数以糖苷形式存在，通过糖苷键链接在C环的3位碳上。常见的糖苷的糖有葡萄糖，鼠李糖，半乳糖等。甲基化和酰基化能增强稳定性，但会降低抗氧化活性。
花青素对pH值是比较敏感的，在酸性条件下呈红色，碱性条件下会变成蓝色。自然界中的花青素有300多种，其中主要有6种：天竺葵色素，矢车菊色素，飞燕草色素，芍药色素，牵牛花色素，锦葵色素。花青素种类之间的颜色差异，主要是B环取代基不同而导致的，比如矢车菊素偏红，它们的颜色变化是可逆的，但是如果被氧化了就不可恢复。花青素在强碱或高温条件下容易降解，在测定的过程，特别是前处理要注意环境变化。
在科研检测中，一般用高效液相色谱（HPLC）或液相串联质谱（LC-MS/MS）测定植物样本各种花青素含量。它的准确度会受多种因素的影响，包括样品前处理，色谱条件等。植物样本是需要粉碎研磨，并过60目筛，确保均一性。溶解用的甲醇、乙腈等溶剂现配现用，时间长了有效含量减少，提取能力会下降，而自己不知道。预处理的温度要严格控制时间，避免出现降解。离心速度和时间需要准确，确保杂质可以完全去除。
色谱条件是可采用C18的色谱柱分离，用乙腈和水为流动相，甲酸为缓冲盐来稳定花青素，避免出现降解。缓冲盐pH值对保留时间有比较明显的影响，酸性条件如pH=3可抑制花青素的降解，提高检测灵敏度。缓冲盐的浓度一般是5-50mM，在设置梯度过程中，要观察柱压的变化，确保稳定在合理的范围内。LC-MS/MS测定的前处理需要过0.22um的膜，中性或极性较大的花青素选用ESI电离模式，极性较小的可用APCI，根据目标化合物确定。碎片离子选择质谱响应高，选择性好，每种化合物至少要2个MRM离子对，一个用于定性，另外一个用于定量，定量的响应值相对较高。