花色苷是一种黄酮类化合物，它的化学结构是以C6-C3-C6为骨架的2-苯基色原烯。花色苷中间含有多个羟基和羰基，是一种极性较强的化合物，易溶于水和甲醇等极性溶剂，不溶于非极性的油脂等。花色苷在酸性条件下，以红色黄烊盐形式存在，水溶性比较好；在中性条件下，转化为无色的，溶解度降低；在碱性条件下，形成蓝色的醌式碱，易沉淀，溶解度很低。
在自然界中，花色苷常常以糖苷形式存在，比如矮牵牛素-３-葡萄糖苷，它们对pH值比较敏感。根据苷元不同，主要分为矢车菊素、天竺葵素、飞燕草素、芍药色素、矮牵牛素、锦葵色素。糖基有葡萄糖、半乳糖、鼠李糖等，连接在C3、C5等位点。含有花色苷的食材有很多，比如黑枸杞、紫玉米、紫薯、蓝莓、桑葚、黑米、紫甘蓝、黑豆、紫豇豆等。从功能上来讲，基本上具有抗氧化、抗炎、改善代谢和视力等生物活性。
检测花色苷的方法，实验室常采用高效液相色谱（HPLC）法、液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）、分光光度法等。以HPLC为例，植物组织中的花色苷是溶解于水和甲醇的，可以用50%的甲醇超声提取，离心后净化处理，比如C18固相萃取柱净化，去除脂质等物质。花色苷的极性较强，可通过加0.1%甲酸的方法来增强C18的色谱柱保留。且只有在酸性的条件下，花色苷的溶解度是较高的，如果pH值向碱性发生了变化，比较容易产生沉淀。C18色谱柱的pH值耐受范围一般是2-8，不能超过这个应用范围。
如果用C18的250mmx4.6mm，5um的柱子，推荐流速为1ml/min，进样量10ul。如果是用UPLC或LC-MS/MS测定含量，就要用短一点的柱子，比如C18，2.1 mm*100 mm，1.7 µm，流速就要降低，比如0.35ml/min，进样量2ul。检测器就用紫外检测器，花色苷的检测波长520nm，也可以重新进行扫描确定特征波长。柱温的话，先用室温，根据出峰的特点进行微调。