色氨酸的侧链上含有吲哚环，吲哚环的π电子共轭使电荷分布均匀，整体表现为非极性，也就是疏水性。液相色谱测含量的话，用C18色谱柱，可以有效吸附到固定相的活性位点上。色氨酸的等电点pka为5.89，在这个pH值下，色氨酸以兼性离子形式存在，净电荷为零。当pH＜5.89，色氨酸以阳离子形式存在，液相保留时间延长；当pH＞5.89，色氨酸以阴离子形式存在，保留时间缩短。如果要抑制色氨酸解离，需要将流动相的pH值调整在4.5左右，低pH值可降低它的极性，更容易和C18色谱柱固定相结合，同时也延长了保留时间。
色氨酸的侧链含吲哚环，它的π电子体系形成闭合共轭大π键，在紫外光照射下能发生电子跃迁，吸收能量所产生的波峰长度为280nm。因此，通过专门检测280nm处的紫外吸收峰，就知道是色氨酸的吲哚环发出来的。
乙酸铵的水溶液在流动相中作为缓冲液，pH值可稳定控制在3.0-5.5，能有效控制色氨酸的解离状态。0.01mol/L乙酸铵缓冲液（pH3.0-4.0）与甲醇=85:15等度洗脱。
如果用C18色谱柱，250mm长，4.6mm内径，5um的粒径；根据它的容量，一般会选择10-20uL的进样量，看浓度范围是多少来决定。流速一般为1ml/min，看出峰的情况，如果峰出现拖尾或分离度不足，可适当降低流速到0.8ml/min。适当的流速，可以显著的增加传质效率，提高分离度，保持较好的峰形。
现在就要说柱温了，根据范第姆特方程，30℃可平衡分子扩散项与传质阻力项，提升理论塔板数（N）。且在这个温度下，保留时间在10-15min比较稳定。温度每升高1℃，保留时间会减少1-2%，30℃流动相的粘度会相对较低，可较少传质阻力。温度太低，粘度会增加导致峰展变宽；如果温度过高，保留时间会缩短，分离度下降等。如果色谱柱固定相流失，那可能会导致柱效下降，峰有拖尾等现象。