黄酮类化合物主要是由2个苯环通过C6-C3-C6这个碳链连接而成的，母核为2-苯基色原酮，常以游离态或糖苷形式存在。它们主要分布在水果、蔬菜、中药材等，主要类型包括黄酮（如芹菜素）、黄酮醇（如槲皮素）、二氢黄酮（如橙皮素）、异黄酮（如大豆异黄酮）。黄酮类化合物具有抗炎、抗氧化、改善血脂代谢等生物活性，广泛的应用在医药、食品、畜牧等领域。
从植物样本中提取黄酮类化合物，通过超声波的物理效应破坏植物细胞结构，加速目标成分的溶出。通过甲醇溶解提取，离心，浓缩，定容，过滤等过程，可以将黄酮从植物中尽可能的提出来。
黄酮含有苯环，具有紫外吸收的特征，可以用液相色谱的紫外检测器或DAD检测含量。羟基（-OH）增多可提高亲水性，甲氧基（-OCH3）或长链疏水基团则增强疏水性，黄酮、黄酮醇、查耳酮）因分子间π-π作用力强，疏水性较高。二氢黄酮）因排列松散，疏水性稍弱。以槲皮素、山奈酚为例，具有疏水性的苯环结构，可用C18色谱柱来吸附。
黄酮类化合物中含有酚羟基，具有亲水性，容易和色谱柱上的固定相发生次级相互作用，从而导致峰不能正常的出来，比如拖尾或前沿峰。通过加酸，可抑制酚羟基的解离，降低它的极性，减少它和固定相的强吸附作用。常用乙腈-水或甲醇-水为流动相，添加0.1%甲酸/冰醋酸改善峰形。