在微生物代谢活动中，微生物吸收了外源碳（如植物根系分泌物，凋落物分解产物）转化为自身生物量。当微生物死亡后，它的细胞结构并没有完全矿化，以残体形式残留在土壤中。微生物残体碳占土壤有机碳总量的30%-60%，深层土壤中的占比要高于表层。残体碳是微生物（包括细菌、真菌等）死亡后残留的细胞及其组分所形成的有机碳物质，主要分布于天然湿地、滨海湿地等生态系统中。
微生物残体碳在碳循环过程中其稳定作用，比如长期固碳，调节碳平衡。另外，残体碳可促进团聚体形成，提升土壤肥力。残体碳是土壤有机质的核心，能缓慢释放氮、磷等养分，提高土壤保水保肥能力，为植物生长提供基础。如何测定土壤中的微生物残体碳呢，通过把微生物残体拆解为特定的生物标记物（如氨基糖），用气相色谱或气相质谱联用（GC-MS）测定它们的含量，通过换算系数推算出总的残体碳含量。
采集新鲜的土壤，去除杂质，用强酸（6M的HCl）在高温下将土壤中的氨基糖聚合物水解（105℃水解8h）为单体。过滤，旋转蒸发，残留物溶解于蒸馏水。用0.4mol/L的KOH溶液调节pH值至中性（pH 6.8），4000r/min离心10min去除沉淀。上清液转移到衍生瓶中，用N2在45℃下吹干，加入蒸馏水溶解。衍生化处理，向衍生瓶中加入衍生试剂（4:1的吡啶-甲醇溶液，含有32mg·mL-1的盐酸胫胺和40mg·mL-1的4-二甲基氨基吡啶），加盖密封，在75~80℃条件下加热30min，其间振荡数次。 冷却至室温后，加入1mL乙酸酐，密封再次加热20min。冷却后加入1.5mL的二氯甲烷。再加入1mol·L-1的HCL溶液1mL, 激烈振摇30 s后，移走上层液体，与上述步骤相同，用1mL的蒸熘水至少洗涤3次，在最后一次洗涤过程中尽可能去除水相。剩余的有机相在45℃下用N2吹干后，用400 µL的乙酸乙酯－正已烷混合溶剂(V/V=1:1)溶解后转移至进样瓶中
精密称取一定量各个标准品于5mL棕色容量瓶中，然后加入适量超纯水（胞壁酸用甲醇）超声溶解后用超纯水（胞壁酸用甲醇）定容至刻度线，摇匀、使之成为1mg/mL的单标储备液。标准工作曲线用乙酸乙酯－正已烷混合溶剂(V/V=1:1)配置成相同体积后加入同等含量的内标。气相色谱测定，采用FID检测器，温度250℃；进样口温度250℃。HP-5的色谱柱，30mx0.32mmx0.15um。H2和N2流量为30ml/min，空气流量300ml/min，分流比5:1。程序升温 初始温度 120℃保持 1min,然后以 10℃/min 升到220℃，保持12min，以40℃/min 升到300℃，保持 3min。进样量1uL，流速1ml/min。