藻类的种类很多，总体上来看，它们包含的色素有叶绿素a、叶绿素b、类胡萝卜素（叶黄素、β胡萝卜素等）、藻红素、藻蓝素等。基本上所有的藻类都含有叶绿素a，它的核心作用就是转化光能，类胡萝卜素是在光合作用中起着辅助功能。一般在绿藻中，会含有叶绿素b，它主要是辅助光合作用，传递能量。在红藻、蓝藻中，藻胆素（藻红素和藻蓝素）也是起着光合辅助作用，使得藻类显出对应的颜色。
就藻类本身来说，不同色素能吸收不同波长的光，把光能转化为化学能，制造有机物并释放出氧气。藻类很多色素本身不参与光合反应，但能把吸收到的光能传递给叶绿素a，让它来完成核心的光合作用。同时，它们能保护细胞免受强光的伤害，调节生长和发育过程。比如，叶黄素和藻胆素能吸收多余的光能转化为热能散失掉，避免产生破坏性的单线态氧。同时，可清除强光产生的活性氧（ROS），保护叶绿素、蛋白质和脂质等。
检测藻类色素的方法，实验室常用分光光度法、高效液相色谱（HPLC）法、液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）、荧光光谱法、薄层色谱法等。这里以HPLC为例，简单的介绍一下检测过程。
前处理：藻类细胞壁是比较坚韧的，要先破壁，才能释放出其中的色素。常用的方法有研磨（液氮冷冻后研磨成粉末），匀浆，超声破碎。操作过程中，需要避光、低温，防止色素光解或热降解。色素的提取，要采用有机溶剂（如甲醇、二氯甲烷等）或混合溶剂（如甲醇：二氯甲烷=3:1）。超声的时候注意温度、时间、功率，对应不同种类的样品，采用对应的参数。结束后，用10000r/min去除细胞碎片和不溶物，取上清液氮吹浓缩，用甲醇复溶到适合的体积，过0.22um的膜，待测。
色谱条件：藻类色素如β胡萝卜素，流动相需要用抗氧化剂。否则，在室温的条件下，容易发生降解，导致色谱峰小或检测不出。紫外检测器，波长450nm，可参考药典方法或其他相关分析标准。β胡萝卜素是非极性化合物，可用C18反相色谱柱，它难溶于水，流动相可用88%甲醇水和0.1%BHT-MTBE，梯度洗脱。如果组分简单，测β胡萝卜素，可用等度洗脱。标准品要用棕色容量瓶，加入适量的四氢呋喃，超声溶解后，用0.1%BHT甲醇定容到刻度，并梯度稀释成5-7个浓度点，确保线性范围。