大豆苷元是一种异黄酮类化合物，它的结构中的羰基含有极性基团，但整体分子以非极性的芳香环为主，极性很弱，表现为非极性。因此，可以用C18反相色谱柱中来吸附大豆苷元分子。在反相色谱中，它的等电点pKa为7.01，属于弱碱性化合物，难溶于水而易溶于甲醇等有机溶剂，通过添加酸（如0.1%乙酸）将流动相的pH值调整到酸性，可抑制大豆苷元的解离，使得色谱柱的固定相上能够更强的保留。另外，通过添加酸的形式，可改善峰形，减少拖尾等。
液相色谱测定大豆苷元，常见的流动相是甲醇和水、乙腈和水的组合，同时要在水相中加入0.1%乙酸或甲酸来调节pH值。如果用梯度洗脱，则用高比例的水相（0.1%乙酸或甲酸）开始，如0-10分钟，10%-30%乙腈，10-20分钟，30%-50%乙腈，20-30分钟，50%-90%乙腈，30-40分钟，10%乙腈。通过调节有机相的比例，实现从复杂样品中将大豆苷元分离并洗脱出来，在检测器上收取信号，以色谱峰的形式记录。
如果使用C18色谱柱，250mm长，4.6mm内径，5um粒径的规格，则一般就采用1ml/min左右的流速，10-20ul的进样量。进样量是根据样品的浓度和复杂程度来的，浓度高的话进样量低一点，浓度低的可以适当提高进样量，不能超过色谱柱的容量。另外，使用的溶剂也是有要求的，可以用甲醇来溶解。大豆苷元的极性较弱，低浓度的甲醇溶解率降低，需要较高浓度（60-80%）的甲醇溶解，可有效破坏大豆苷元分子之间的氢键，提升溶解度。
大豆苷元中的高电负性原子（如O、N）以共价键结合带正电的氢原子，形成静电吸引。甲醇分子中的羟基（-OH）能够和大豆苷元分子中的氧原子形成新的氢键，替代大豆苷元分子之间原有的氢键，从而破坏其稳定的二级结构。因此，确定一个适当的甲醇浓度是可以增强大豆苷元的溶解。大豆苷元内部结构是苯环和吡喃酮环的结合，包含一个2,3位双键和4位羰基形成的共轭体系，这个共轭体系通过电子跃迁形成特定波长的光，使得大豆苷元在紫外光下250nm波长有特征吸收。