根据胆汁酸的来源可分为：初级胆汁酸和次级胆汁酸。初级胆汁酸是指由胆固醇在酶的作用下，直接合成的胆酸，鹅脱氧胆酸类物质。次级胆汁酸是指初级胆汁酸在肠道内经肠道菌群作用进行7α脱氢作用生成的一类胆汁酸，包括石胆酸，脱氧胆酸。
根据胆汁酸的状态可分为：游离态胆汁酸和结合态胆汁酸。游离胆汁酸主要为脱氧胆酸、胆酸、鹅脱氧胆酸等。结合态胆汁酸为游离态胆汁酸与甘氨酸或牛磺酸结合的产物，如：甘氨胆酸、甘氨鹅脱氧胆酸、牛磺胆酸等。
胆汁酸靶向代谢过程中，会涉及到多种酶活，45种胆汁酸，胆汁酸的检测主要包括液相色谱质谱联用（LC-MS）、气相色谱质谱联用（GC-MS）、高效液相色谱法（HPLC）等。一般主要采用LC-MS技术，多通过血清、粪便、尿液、胆汁、组织等测体内胆汁酸的含量。