环二鸟苷酸(c-di-GMP)是由鸟苷三磷酸在二鸟苷酸环化酶的作用下环化而形成的,这个反应的过程还需要有Mg2+作为辅助因子,以确保反应酶的活性。c-di-GMP作为细菌中的第二信使分子,参与调节多种生理功能,比如细胞分化,生物被膜形成,致病因子产生等。它的作用机制是通过二鸟苷环化酶(DGC)合成和磷酸二酯酶(PDE)的降解途径进行调控的。c-di-GMP的化学式为C20H24N10O14P2,分子量为690.41。
检测方法:高效液相色谱(HPLC)法,液相色谱质谱联用(LC-MS),酶联免疫吸附(ELISA)法等。以HPLC为例,简单的介绍一下检测流程。
1.样品处理
根据样品中种类,如血清,血浆,细胞上清,组织匀浆等。采用不同的方法,去除杂质,超声,离心,膜过滤,待测。具体操作过程和方法,需参考相关的标准、文献或开发出来。
2.色谱条件
常规的C18反相色谱柱,250mmx4.6mm,5um,柱温25℃;紫外检测器,波长253nm;以乙酸铵和乙酸铵甲醇为流动相,梯度洗脱,流速0.8-1ml/min,进样量10-20uL。仅供参考,需要重新验证或调整参数,获得适合实际环境情况的较佳条件。
3.标准曲线
将c-di-GMP的标准品用水进行溶解和稀释,配制成标准母液,记录它的浓度值。然后,梯度稀释5-7个点,可以成倍的进行,确保覆盖到样品溶液中的目标化合物可能浓度范围。最低点一般是在定量限,以信噪比(S/N)的10倍确定。依次进样到HPLC中,测出各个点的色谱峰,记录它的保留时间。对各个峰的峰面积进行积分处理,并结合它的浓度,拟合出标准曲线,得到回归方程。
4.含量计算
样品溶液进样到HPLC中,在软件中记录色谱峰。由于样品是复杂的,没有标品那么纯正,因为可能会出现杂峰。根据标准色谱峰的保留时间,找到样品中目标色谱峰的位置,并对它的峰面积进行手工或自动积分处理。将样品的c-di-GMP的色谱峰面积代入到回归方程,可计算出样品溶液中的c-di-GMP的含量。